Os cursos de formação podem ser planejados por iniciativa própria ou a pedido de outras entidades, sendo regulares ou esporádicos. Podem se dar de maneira isolada, ou estar inseridos em programas de formação mais amplos. Atualmente, o Iser Assessoria atua em três cursos:

1. Curso do Rio - Curso de Formação Pastoral para Leigos

O Curso do Rio é um curso organizado pelo Iser Assessoria. É um espaço de formação teológico-pastoral e sociopolítica, de caráter ecumênico, popular, massivo, intensivo e de amplitude estadual realizado em parceria com um grupo de leigas e leigos cristãos que atuam em diversas pastorais. O curso, criado em 1995, é realizado no mês de julho, de modo intensivo, durante seis dias, e reúne cerca de 250 pessoas.

A cada ano é definido um tema a partir de consulta feita aos participantes, considerando a problemática, a conjuntura e a relevância do tema para o trabalho popular. O tema é aprofundado a partir dos enfoques sociológico, bíblico-teológico e pastoral, e relacionado com a prática dos participantes na pastoral popular e nos movimentos sociais. Para garantir seu caráter popular, inclusive quanto à metodologia, são utilizadas dinâmicas participativas e atividades pedagógicas, em oficinas como teatro e expressão, comunicação, pintura, dança, liturgia e outras.

2. Curso de Sociologia da Religião

É dado aos estudantes de Teologia no Instituto Teológico Franciscano, em Petrópolis - Rio de Janeiro. O objetivo do curso é apresentar aos alunos e alunas uma síntese das principais linhas de abordagem das Ciências Sociais que analisam o fenômeno religioso, bem como uma análise da estrutura e da dinâmica do campo religioso brasileiro. O curso é oferecido ao longo de um semestre em 60 horas-aula.

3. Curso de Religiões Populares no Brasil

Curso que faz parte do Programa de Formação Teológico-Pastoral de lideranças leigas da Diocese de Duque de Caxias e São João de Meriti. O curso apresenta um panorama do campo religioso brasileiro e discute as possibilidades e os limites de uma prática ecumênica e de diálogo inter-religioso nos meios populares.